Fue promovido por María Hernández, duquesa de Santoña y marquesa de Manzanedo, quien fundó a ese efecto la Asociación Nacional para el cuidado y sostenimiento de niños, sociedad autorizada por Real Orden en 1876. El edificio se debe al arquitecto Francisco Jareño y Alarcón, quien trazó una gran construcción exenta, formada por un cuerpo central, con un pequeño templo, que articula tres pabellones perpendiculares a la fachada de Menéndez Pelayo, en donde se ubican las habitaciones. Este esquema será prototipo de los hospitales y asilos que se construyen con posterioridad en Madrid.

El edificio obtuvo la Medalla de Oro en las exposiciones de Amberes (1886), Viena (1887) y Barcelona (1888). Hacia 1890 pasa a depender de la Junta Provincial de Beneficencia, la cual promovió su ampliación en 1901, según proyecto del arquitecto Santiago Castellanos. Los tres nuevos pabellones, con la finalidad de asilo, se erigieron paralelos a los iniciales, además de un pabellón para portería que articula la galería que sirve de unión entre ambos edificios. Desde 1986 se integra en la red de hospitales del Insalud.